染色体的改变在许多胰腺癌中都可以找到。采用低分辨率技术如丝裂中期核型分析，比较基因组杂交，等位基因分析等技术均可以显示染色体的异常。细胞遗传学分析就可以显示特异的染色体数量和结构上的变化。整个染色体的缺失较获得更为常见。常见整个染色体的缺失为6 12 13 17 18以及Y，其他的染色体如4 9以及21的缺失也有报道。整个染色体的获得非常少见，一般只涉及少数的染色体如2 7 11以及20。分化较差的导管腺癌较分化好的肿瘤有更多核型改变。

染色体结构上的异常包括转位，断点，缺失以及扩增也常见于胰腺导管腺癌。尽管多数染色体都存在一定程度的缺失，但常见的缺失发生在染色体1p 8p 17p以及19p上。根据报道每个胰腺癌病例总的染色体断点数约在228～608个左右。许多缺失染色体片段上存在有重要的肿瘤抑制基因。常见的染色体缺失还包含有BRCA2基因。常见的染色体缺失还包含有BRCA2，CDKN2A/p16/MTS1，RB1C EY TP53。

采用细胞遗传学技术，CGH以荧光原位杂交技术，可以显示染色体的获得区域，这些区域往往含有癌基因的扩增。常见的区域有5p,6q,8q22-ter，12p12-cen,19q12-13.2以及20q.这些区域上含有的癌基因有KRAS2，MYB，AKT2，AIB2以及MDM。对比转移肿瘤与原发肿瘤发现二者染色体异常基因相同，较为细微的差异尚待进一步的证实。少数肿瘤细胞存在错配修复的缺陷，表现为微卫星的不稳定性。

总体上说，研究基因组的改变对于今后在缺失区域寻找潜在的抑癌基因有着重要的意义，例如MADH4/SMAD4/DPC4基因就是通过这种方法找到的。部分特异性的染色体变化有可能成为诊断手段。但是该方法尚存在明显的缺陷，它不能显示基因产物在转录，翻译，修饰等后续方面的变化。